Zymo发布开源生物信息学管道，支持对废水中新冠病毒变体的检测

Zymo Research向环境微生物学界发布了VirSieve生物信息学管道源代码，以促进全球协作并支持对废水中新冠病毒变体的检测。VirSieve是一个自动计算管道，可分析废水样本中新冠病毒的测序读数，以更好地了解被监测社区中存在的病毒变异。通过对观察到的病毒突变的置信区间进行评级，该软件具有显著提高病毒遗传物质中任何变化分析准确性的潜力。

疾病预防控制中心表示，尽管疫苗的部署对遏制美国境内新冠疫情产生了巨大的积极影响，但新的病毒株仍在出现。其中一些菌株（例如 B.1.1.7）由于更大的传播速度、致病性或疫苗逃逸的证据，被归类为“受关注变种”。废水下一代测序正在成为近实时社区监测的最可行解决方案。

由于病毒RNA的断裂和降解，对废水进行的病毒测序难度很大，这通常会导致测序错误，最终显示为假突变。VirSieve可以识别这些假变种，并将其标记为低或无置信度，使研究人员能够以更高的支持程度过滤突变。Zymo Research还提供DNA/RNA Shield，一种在任何病毒灭活后可保护病毒RNA不会进一步降解的试剂，可安全地在环境温度下收集和运输废水样本。